La gouvernance de Transitions Pro est assurée par un conseil d’administration paritaire composé de représentations syndicales employés et employeurs. La Présidence de Transitions Pro Nouvelle-Aquitaine est actuellement pilotée par Yann HILLAIREAU, représentant de la CFDT, et la vice-présidence par Jean-Louis PIOT, représentant du MEDEF.
Le réseau des 18 Transitions Pro est coordonné par Certif’Pro, l’association nationale pour la certification paritaire interprofessionnelle et l’évolution professionnelle.